Trong Kẻ sĩ thời loạn, nói đúng hơn, trong cuốn sách mà nhà di truyền học Duy Thiện viết để kể lại cuộc đời của cụ tổ mình, Nguyễn Hữu Chỉnh không hề là kẻ gian hùng, người phản phúc, lật lọng. Ông bỏ Trịnh theo Tây Sơn, đưa quân Tây Sơn ra đánh Bắc Hà, rồi lại bỏ Tây Sơn để diệt Trịnh phò Lê, nghênh ngang một cõi cho đến lúc bị Tây Sơn tận diệt, tất cả những quyết định ấy với Nguyễn Hữu Chỉnh đều là quyết định ở thế chân tường, là ngộ biến thì phải tòng quyền, không còn cách nào khác. Tác giả đã hơn một lần cắt nghĩa về ý chí quyền lực và niềm khao khát tạo lập thân danh với đời của Nguyễn Hữu Chỉnh: ông nhập thế, thoạt tiên chỉ mong tìm được minh chủ để cống hiến toàn bộ tài năng và những phẩm chất cá nhân hơn người của mình. Nhưng không có minh chủ, hoặc có nhưng không xứng đáng, hoặc xứng đáng nhưng ông lại không được tin dùng. Những sự cắc cớ ấy cứ lần lượt diễn ra, để rồi Nguyễn Hữu Chỉnh phải đi đến quyết định chung cục: ông sẽ tự mình làm minh chủ cho chính mình, không phụ thuộc bất cứ kẻ nào, tự mình trở thành một quyền lực dưới gầm trời này, tự mình thống nhất sơn hà, làm nên nghiệp lớn. Không phải để thỏa mãn cái nhu cầu được chi phối vận mệnh của muôn người trong thiên hạ, mà là để phụng vụ hết mình cho sự nghiệp “vì dân”. “Vì dân”, có thể nói, chính là tư tưởng xuyên suốt, là cái đích quan trọng nhất đời của Nguyễn Hữu Chỉnh, và cũng là hạt nhân trong sự tạo thành nhân cách “kẻ sĩ” nơi ông.